主人公是一名普通的大学生（男）在一次偶然的机会遇到了一个奇怪的少女那个少女拥有不可思议的能力在与少女接触中，遭遇到了一个专门收容这类少女的组织作为见习工作人员的主人公来到组织之后，发现这个组织里竟然是一个少女收容所这里所收容的少女全都是拥有超自然力量的存在，不如说，她们就是各种不科学现象的人形化这部作品里有上百位不可思议的神奇少女她们的能力（属性）有的实用，有的危险，也有的毫无作用这部作品里有无限大的脑洞，而这些有趣的脑洞，都将变为特色鲜明的少女身为收容所的管理员主人公为了和这些少女相处可是费劲了脑筋在这个过程中，无数个危险，有趣，感人，奇妙的故事，开始了！